ЦИИ Томской области  является специализированной организацией развития инновационного территориального кластера «Smart Technologies Tomsk» (ранее «Фармацевтика, медицинская техника и информационные технологии Томской области»), курирует действующие и создающиеся кластеры Томской области, предприятия малого и среднего предпринимательства в рамках деятельности кластеров.

• Инновационный территориальный кластер «Smart Technologies Tomsk»
• Инновационно-промышленный кластер «Возобновляемые природные ресурсы Томской области»
• Лесопромышленный кластер Томской области